El uso de las aguas termales de La Malahá se remonta a la época de los cartagineses. Más tarde, los romanos aprovecharon sus beneficios medicinales, y en la época nazarí se consolidaron como un importante punto de encuentro, gracias a las propiedades curativas de las aguas, conocidas entonces como “manantial de las aguas de la hermosura”.

En el siglo XIX, ganaron popularidad como balneario y recibieron a numerosos visitantes que buscaban tratamientos para afecciones reumáticas, cutáneas y respiratorias. Entre los personajes ilustres que los visitaron, cabe destacar al compositor Manuel de Falla, quien gestionó la estancia de su hermana en los baños en la década de 1920, e Isabel García Lorca, hermana del renombrado poeta Federico García Lorca, quien narró la visita de su familia en su libro Recuerdos míos, alabando la belleza del entorno y la calidad de las aguas.

El balneario original cerró sus puertas en 1942 y fue demolido en 1987.
En la actualidad, los restos históricos, como una pileta romana, una alberca árabe y una bóveda del antiguo Hammam, han sido integrados en el complejo moderno.